Jedna od sjajnih stvari kod SquirrelMail-a je nivo do kog se može sve podešavati. U zavisnosti od konfiguracije, možete imati više izbora Tema, jezika, direktorijuma i drugih podešavanja. Sva od podešavanja se mogu učiniti i zasebno ne utičući na druge korisnike na sistemu. Postoji bar pet glavnih delova u Opcijama: Lične Informacije, Opcije prikaza, Označavanje poruka, prikaz direktorijuma i Redosled indeksa