Jednou z ohromných vecí v SquirrelMail-e je stupeň jeho prispôsobovania. V závislosti na konfigurácii máte mnoho možností výberu schém, jazykov, priečinkov, a iných nastavení. Všetky z nich môžu byť zmenené bez toho aby ovlyvnili nastavenia iných užívateľov systému. Je tu najmenej päť hlavných kategórií Možnosti: Osobné, Zobraziť, Zvýrazňovanie správ, Priečinky, a Poradie v zozname. Ďalšie kategórie Možností závisia od vašej SquirrelMail inštalácie.