Vienas iš SquirrelMail privalumų yra vartotojo galimybės priderinti interfeisą savo poreikiams. Priklausomai nuo konfiguracijos jūs galite turėti galimybę nusistatyti sau patinkančią puslapių temą, kalbą, aplankų kontrolės ir kitas opcijas. Ir keisdami savo nustatymus jūs nepaveikiate kitų tos pačios sistemos vartotojų. Yra penkios standartinės nustatymų dalys: Asmeninė informacija, Žinučių žymėjimas, Rūšiavimo tvarka, Grafiniai nustatymai ir Aplankų nustatymai.