Una delle cose più interessanti di SquirrelMail è l'alto livello di personalizzazione. A seconda delle diverse configurazioni, è possibile scegliere tra diversi temi, linguaggi, cartelle ed altre preferenze. Tutto ciò è configurabile senza che le modifiche abbiano effetto verso altri utenti del sistema. Ci sono quattro parti principali riguardo le Opzioni: Personali, Visualizzazione, Evidenziazione Messaggio e Cartelle.