SquirrelMailin asetuksissa on paljon vaihtoehtoja. Sinulla on koko joukko mahdollisia asetuksia vaihtaa teemoja, kieltä ja muita ominaisuuksia. Mahdollisuudet vaihtelevat SquirrelMailin asennuksesta riippuen. Muuttaessasi asetuksia vaikutat vain omiin asetuksiisi, et voi vahingossa muuttaa muiden käyttäjien asetuksia. Asetuksissa on viisi pääkategoriaa: Henkilötiedot, Näyttöasetukset, Viestien Merkintä, Kansioasetukset ja Indeksijärjestys.