Una de las grandes ventajas de Squirrelmail es el gran nivel de personalización del que dispone. Dependiendo de su configuración, podrá disponer de una gran variedad de temas de colores, idiomas, carpetas y otras posibilidades. Todo esto puede alterarse sin afectar a los usuarios del sistema. Las opciones se dividen en cuatro grandes apartados: Información Personal, Preferencias de Pantalla, Resaltado de mensajes y Preferencia de Carpetas.