Eines der grossartigen Dinge an SquirrelMail sind die zahlreichen Möglichkeiten, das Programm zu customizen. Sie haben die Wahl zwischen verschiedenen Themes, Sprachen, Ordner und anderen Einstellungen. Alle Ihre gemachten Einstellungen nehmen keinen Einfluss auf die Einstellungen von anderen Benutzern. Es gibt mindestens fünf Hauptteile, welche man verändern kann: Personal, Display, Message Highlighting, Folders und Index Order. Je nachdem können noch weitere Einstellungen vorgenommen werden.