Una de les grans coses del SquirrelMail es el grau amb el que es poden personalitzar les preferències de cada usuari. Vostè pot personalitzar els temes de colors, idiomes, carpetes, etc. Totes aquestes i més preferències poden ser modificades sense que això afecti a cap altra usuari del sistema. Hi ha quatre menús: informació personal, ressaltat missatges, preferències de pantalla i preferències de carpetes.