(NFC) .toxic.json - Update list of functions which yield toxic warnings

The file `.toxic.json` is supposed to list egregious functions -- any change
to these functions should produce extra comments/suggestsions.

The current list is a few years old, so I've run `pdepend` and updated the list.
The list includes anything which matches one or more of these:

 * "Non Comment Lines of Code" (`ncloc`) greater than 300.
 * "[NPath](https://modess.io/npath-complexity-cyclomatic-complexity-explained/) complexity" (`npath`) greater than 1 billion.

Merge pull request #11289 from kainukempowerment/CRM-21424

CRM-21424 Set receipt date when downloading pdf receipt

Added test

Merge pull request #11296 from jmcclelland/CRM-21449

CRM-21449 - add location field to activity report.

Merge pull request #11284 from eileenmcnaughton/towards1

[NFC] code cleanup: split out 2 functions that are mostly unrelated.

Merge pull request #11268 from mattwire/CRM-21421_allow_updating_existing_casecontact

CRM-21421 Fix to allow updating an existing CaseContact record

Merge pull request #11295 from mepps/CRM-21448

CRM-21448 Add a link to contact from contribution

Merge pull request #11293 from mlutfy/crm21447

CRM-21447: Relationship Report: move variable handling to beginPostProcessCommon

Merge pull request #11297 from civicrm/4.7.28-rc

4.7.28 rc

Merge pull request #11286 from jitendrapurohit/pay-later-fix

CRM-21436 - Fix fatal error on pay later

CRM-21449 - add location field to activity report.

CRM-21448 Add a link to contact from contribution

CRM-21447: Contact Relationship Report: move variable handling to beginPostProcessCommon().

remove obsolete comment

Merge pull request #11261 from JMAConsulting/CRM-21362

CRM-21362: followup PR which fixes duplicate mailing rows for each job

fix contribution page loading on no processor

Add unit test for CaseContact.create

Merge pull request #11152 from eileenmcnaughton/api

CRM-21324 - Support 'null' on date fields in the api

[NFC] code cleanup: split out 2 functions that are mostly unrelated.

The handling of line items & financial items has been munged together in a way that gains little, adds confusion,
and blocks the financial items portion from being re-usable.

This is a code cleanup preparatory to the actual changes in pr #10962

Merge pull request #11259 from eileenmcnaughton/report

CRM-21412 Do not give fatal error on report when no fields selected

CRM-21424 Set receipt date when downloading pdf receipt

Merge pull request #11270 from colemanw/CRM-21421

CRM-21421 - Api case update should not re-save case contacts

CRM-21412 Do not give fatal error on report when no fields selected

Merge pull request #10674 from herbdool/crm20764

CRM-20764 Allow clean URLs with CiviCRM on Backdrop

Merge pull request #11283 from mattwire/CRM-21432_recur_end_date_display

CRM-21432 Fix display of end date for recurring contributions

Merge pull request #11278 from eileenmcnaughton/towards1

[NFC] Function extraction and renaming of variable for shorter refere…

Fix display of end date for recurring contributions

[NFC] Function extraction and renaming of variable for shorter reference.

This is a function extraction towards CRM-19273. I haven't changed the logic but it is apparent that
we are changing the contribution financial type to 'the financial type of the last line
item' - which is a little dubious although it might work in practice. We should expose the field &
let people choose it

Merge pull request #9739 from nditech/CRM-19915

Fixes CRM-19915

Merge pull request #11034 from ejegg/docStrings

[NFC] Fix a bunch of docstrings

Merge pull request #11138 from mattwire/CRM-21312_bootstrap_css_fix

CRM-21312 Fix display of 'Recent Items' when using a bootstrap theme

Update sendMail return type

Merge pull request #11233 from seanmadsen/CRM-14343-import-error-limit

CRM-14343 - Remove limit of downloading only 250 errors during CSV import

Merge pull request #11255 from tschuettler/CRM-21407

CRM-21407 - Fix ISO compliance for German counties

Merge pull request #11266 from eileenmcnaughton/additional-test

[NFC] Additional test

Merge pull request #11277 from mihaelmladenov/NDI-14-cancel-event-participants

CRM-21426: Removed duplicate submit buttons on Cancel/Delete Event Participants

NDI-14: Removed top submit buttons on Delete Event Participants task

NDI-14: Changed label of cancel event participants submit button

Merge pull request #11273 from aydun/CRM-21422_london_timezone

CRM-21422 - Fix handling of 0 timezone offset

Code improvement as per Eileen's comment

NDI-14: Removed duplicate submit buttons on Cancel Event Participants page

Merge pull request #11272 from eileenmcnaughton/towards1

NFC code tidy up preparatory to CRM-19273

Merge pull request #11275 from civicrm/4.7.28-rc

4.7.28 rc

CRM-21304 quash form reload message when refreshing (#11122)

* CRM-21304 quash form reload message when refreshing

* CRM-21304 - Disable unsaved changes warning on dedupe form

----------------------------------------
* CRM-21304: Dedupe usablity, quash refresh message in more cases
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-21304

Merge pull request #11072 from cividesk/CRM-21265-4.7

CRM-21265: update payment status to Failed if membership transaction…

Merge pull request #11205 from agileware/CRM-20166

CRM-20166: Making CVV always required for front-end pages.

Fix fatal error on pay later

Merge pull request #11264 from seanmadsen/CRM-21419-activity-separation

CRM-21419 Prevent users from accidentally creating a single activity when they want multiple

Merge pull request #11269 from varshith/CRM-21041_respect_default_communication_style_on_api_contact_create

CRM-21041: Respect default 'Communication Style' when creating a …

clear weird character causing warnings

Merge pull request #11254 from colemanw/CRM-21406

CRM-21406 - Standalone export form

Fix handling of 0 offset

CRM-20166: Making CVV always required for front-end contribution pages.

Adding test cases for CRM-21041

NFC code tidy up, convert result to array more cleanly

NFC code tidy up preparatory to CRM-19273

As part of reducing https://github.com/civicrm/civicrm-core/pull/10962/files easier to parse this makes some small
code tidy ups
1) renames functions to not use the deprecated convention of leading underscore
2) renames function to getLineItemsToAlter rather than 'to add & update'
 (later changes will cause this array to include 'to_cancel' & 'to_resurrect')
3) changes the array return format for that function to be an array of requiredChanges
4) rename function _getFinancialItemsToRecord to getReverseFinancialItemsToRecord to
reflect the fact it is generating an array of reversals to perform

Avoid 'array_pop calling a function' situation

Merge pull request #11195 from jitendrapurohit/CRM-21349

CRM-21349: Increase timeout of status message after batch merge

CRM-21421 - Api case update should not re-save case contacts

CRM-21041: Respect default 'Communication Style' when creating a Contact via API

minor fix

Merge pull request #11204 from MiyaNoctem/CRM-21360-make-open-case-manageable

CRM-21360: Make 'Open Case' Activity Optional

Merge pull request #11224 from colemanw/CRM-21384

CRM-21384 - Don't show deleted contacts in case relations

Merge pull request #11260 from JMAConsulting/CRM-21416

CRM-21416: Add reset link beside 'Search' button below Advance Search form

CRM-21416: Add reset link beside 'Search' button below Advance Search form

Add unit test on financial items for pending payments.

This test was supposed to demonstrate a failure but actually it demonstrates something working.

Still, good to have an additional test

Merge pull request #11265 from eileenmcnaughton/test

[NFC] Minor refactor of test to allow re-use

[NFC] Minor refactor of test to allow re-use

Change-Id: Ie0ec7ff504420aa41641abc6de4edb8cfb5a4b64

Merge pull request #11253 from christianwach/CRM-20358

CRM-20358: Fix WordPress Access Control table

CRM-21419 Radio options create separate activities

Instead of a checkbox for the user to choose to create separate
activities for each contact, use a set of radio options in order to
prompt the user to make a decision. This helps prevent users from
accidentally choosing to create combined activities.

CRM-21349 - Improve batch merge status message

include title

CRM-20358: fix WordPress Access Control table

CRM-21362: followup PR which fixes duplicate mailing rows for each job

Merge pull request #11256 from colemanw/CRM-21408

CRM-21408 - Api explorer - better defaults for sequential checkbox

CRM-21408 - Api explorer - better defaults for sequential checkbox

----------------------------------------
* CRM-21408: Api explorer - better defaults for sequential checkbox
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-21408

CRM-21406 - Make standalone export work in popup context

Fix ISO compliance for German counties

CRM-21406 - Standalone export form

----------------------------------------
* CRM-21406: Create Standalone Export Form
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-21406

Merge pull request #11223 from colemanw/CRM-21382

CRM-21382 - Fix print/merge document on case and support multiple cases

Merge pull request #11245 from colemanw/CRM-21398

CRM-21398 - Fix fatal error when exporting cases

Merge pull request #11251 from totten/master-mailtest

CRM-17860, CRM-18231 - JobProcessMailingTest - Re-remove require_once

CRM-17860, CRM-18231 - JobProcessMailingTest - Re-remove require_once

Overview
--------
Remove an unnecessary line from test suite.

Before
------
The test worked when executed as part of the `api_v3` suite, but it failed
when run individually (because the `require_once` doesn't work).  Moreover,
the tests for `org.civicrm.flexmailer` failed

After
-----
The tests work on their own.

Comment
-------

This change deals entirely with the packaging/framing of a test-case.  It
neither (a) involves the runtime behavior of the application nor (b) the
semantics/behavior of the test.  Consequently, it should be safe to merge as
long as the test-runner remains happy.

Merge pull request #11249 from seamuslee001/CRM-21363-maria

CRM-21363 Only implement ONLY_FULL_GROUP_BY if it is in the default g…

Merge pull request #11059 from JMAConsulting/CRM-21200

CRM-21200: Pay Now payment overwrites the contribution

Merge pull request #10901 from JMAConsulting/CRM-21106

CRM-21106, removed code related to Financial type acl from report

CRM-21363 Only implement ONLY_FULL_GROUP_BY if it is in the default global sql_modes

CRM-21384 - Don't show deleted contacts in case roles

----------------------------------------
* CRM-21384: Ensure deleted contacts are filtered out of CiviCase
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-21384

CRM-21384 - Don't show deleted contacts in case relations

Merge pull request #11171 from mydropwizard/drupal-8-hooks

CRM-21341 Drupal 8 Hook Support

Merge pull request #11173 from totten/master-reinstall-dep

CRM-16243 - Redundant extension installation should not throw error

Merge pull request #11229 from seamuslee001/dedupe_test_fix

CRM-21364 Fix Dedupe fillTable Query when running in full groupBy Mode

Whitespace cleanup

Merge pull request #11247 from seamuslee001/CRM-21400

CRM-21400 Add a static var to hold the trxn_id so it can be accessed …

Merge pull request #11246 from seamuslee001/CRM-21395

CRM-21395 make patch safe for multiple composer runs

CRM-21400 Add a static var to hold the trxn_id so it can be accessed through hook_civicrm_buildForm

Check that Drupal 8 has been bootstrapped

Merge pull request #11237 from civicrm/4.7.28-rc

4.7.28 rc

CRM-21395 make patch safe for multiple composer runs

CRM-21398 - Fix fatal error when exporting cases

----------------------------------------
* CRM-21398: Error when exporting cases
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-21398