Further pass-by-ref fixes following on from customGroup signature change

Change-Id: I4398472485f27165b197f00bf36d518509681242

CRM-18469, CRM-17984 - getTree - No more pass by reference

Change-Id: Ia2eb6d2bf64055dc546d2b73ec3ce310846a40f5

Merge pull request #8221 from eileenmcnaughton/s

Ports from master

CRM-17983 fix for contactRelationships query

 CRM-17983, CRM-18401. Input validation

Fix Strict warning discovered in testing

CRM-5507 CRM-17984 fix regression when subType var is not leaking

Fix the RC regrsision

CRM-17984 test to demonstrate breakage

Conflicts:
CRM/Core/BAO/CustomGroup.php

CRM-17983, CRM-18401 - Swap loose/strict escaping

The old names suggested that loose checking (`MysqlColumnName`) should be
the norm, and strict checking (`MysqlColumnNameStrict`) the exception.
Rather, strict should be the norm.

This also has a functional affect switching the new
`defaultSortAndPagerParams()` to use strict behavior.

CRM-17983, CRM-18401. Input validation.

Minimal check to validate relationship params.

Conflicts:
CRM/Contact/Page/AJAX.php

Merge pull request #8212 from KarinG/CRM-18463-4.6

CRM-18463-4.6 - Not in between filter - not working properly.

CRM-18463-4.6 - Not in between filter - not working properly.

Merge pull request #8183 from eileenmcnaughton/sub_type

CRM-17984. Ensure input for subtype is valid; if not then do not use …

CRM-17984. Ensure input for subtype is valid; if not then do not use it to filter custom fields.

Enotice fix for test env (#8156)

CRM-17846 - Fixing lock name to be less than 64 characters for MySQL 5.7 compatibility (#7984)

* CRM-17846 - Fixing lock name to be less than 64 characters for MySQL 5.7 compatibility - 4.6LTS

* Removing spaces to make Jenkins happy

* Applying MySQL Lock fix contribution from Eileen

* Fixing spacing to keep Jenkins happy

* Use 4.6 version settings call

CRM-18364: Reply-To field depopulates when saving then continuing a draft mailing (#8137)

CRM-17361 - Fix Address fields when used in Contact get api (#8093)

* CRM-17361 -- Extend Contact getoptions to include Address fields

* CRM-17361 -- Extend Contact getoptions to include Address fields

* CRM-17361 -- Extend Contact getoptions to include Address fields

* CRM-17361 -- Extend Contact getoptions to include Address fields

* CRM-17361 -- Extend Contact getoptions to include Address fields

Update version to 4.6.16

Merge pull request #8090 from pradpnayak/CRM-16617-4-6

--CRM-16617, code fixing for install, changed the parameters of function

--CRM-16617, code fixing for install, changed the parameters of function

Conflicts:

CRM/Core/DAO.php

Merge pull request #6707 from pradpnayak/CRM-16617

[pending core team review] CRM-16617

Merge pull request #8011 from agh1/multi-paypal-ipn

CRM-18107 PayPal Standard IPN fails with multiple processors

Merge pull request #8014 from cividesk/CRM-18280-4.6

Fix for CRM-18280

Merge pull request #7929 from eileenmcnaughton/CRM-18156

CRM-18156 don't false positive on security update available

Merge pull request #7939 from seamuslee001/CRM-18181-46

CRM-18181 Get all mailings that use mailings that an acled user can see

Fix for CRM-18280

CRM-18107 PayPal Standard IPN fails if payment processor id != payment processor type id

Merge pull request #7994 from laryn/patch-6

Reproduce CRM-18092 fix for 4.6

Merge pull request #8003 from PalanteJon/CRM-18264-4.6

CRM-18264 - Fix potential upgrade crash when adding Getting Started d…

CRM-18264 - Fix potential upgrade crash when adding Getting Started dashlet

Trying again on the indentation.

Fixing indentation

Merge pull request #8000 from monishdeb/CRM-16210

CRM-16210 fix backporting to 4.6

CRM-16210 fix backporting to 4.6

Reproduce CRM-18092 fix for 4.6

Reproduce this fix for 4.6
https://github.com/civicrm/civicrm-core/commit/0f578135c6f9d151fd2e4fef230ec0f91418224b

Merge pull request #7870 from JKingsnorth/CRM-18109-4.6

CRM-18109 (4.6) towards removal of unindexed queries

Merge pull request #7958 from JMAConsulting/CRM-18204-4.6

Crm 18204 4.6

Merge pull request #7964 from jitendrapurohit/CRM-18209

CRM-18209 - show payment fields if other-amount already contains a va…

CRM-18209 - show payment fields if other-amount already contains a valid amount

--CRM-18204, modified code to use checkProfileType function

CRM-18204, removed extra action for 4.6

----------------------------------------
* CRM-18204: Enables use of Mixed Profile for create mode
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-18204

--CRM-18204, remove Create mode, Edit mode, listing mode and HMTL form snippet links if uf group type is not contact

CRM-18204, used contact type and contact sub type for checking uf group type

----------------------------------------
* CRM-18204: Enables use of Mixed Profile for create mode
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-18204

Conflicts:

CRM/UF/Page/Group.php

CRM-18204, used contact type and contact sub type for checking uf group type

----------------------------------------
* CRM-18204: Enables use of Mixed Profile for create mode
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-18204

Merge pull request #7275 from agh1/petition-custom-fields

[fixed-for-master] Survey custom fields in petition UI

Ensure that we are only running the Mailings query when we have found mailings

CRM-18181 Get all mailings that use mailings that an acled user can see

Merge pull request #7930 from eileenmcnaughton/4.6

CRM-18091 disambiguate TRUE as not meaning 'backtrace'

CRM-18091 disambiguate TRUE as not meaning 'backtrace'

CRM-18156 don't false positive on security update available

Merge pull request #7911 from agh1/merge-screen-close-tag-46

CRM-15789 - contact merge: restore </div> that was accidentally deleted

Merge pull request #7912 from seamuslee001/CRM-18155-46

CRM-18155 Remove membership_type_id from legacyConvertFormValues

CRM-18155 Remove membership_type_id from legacyConvertFormValues

CRM-15789 - contact merge: restore </div> that was accidentally deleted

----------------------------------------
* CRM-15789: Add icons to submit buttons
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-15789

Merge pull request #7896 from cividesk/CRM-18130-4.6

CRM-18130: Custom CSS URL not working if aliased or rewritten

Update version to 4.6.15

Merge pull request #7897 from totten/4.6-tcpdf

CRM-18098. Move TCPDF from packages to composer.

CRM-18098 - composer.json - Add tcpdf to include_path (remove me later)

This provides backward-compatibility with extensions that call
`require_once 'tcpdf/tcpdf.php'`.

This notation is deprecated, and we should remove tcpdf from the include-path in the future.

CRM-18098 - TCPDF - Re-include "Times New Roman"

It was present in `civicrm-packages`, and someone might miss it if we take it away.

CRM-18098 - TCPDF - Remove unnecessary require_once

With CRM-18098, we can use the autoloader.  And the require_once doesn't
work because the file is no longer in the include_path.

CRM-18098. Update composer.lock

CRM-18098. Call tcpdf-cleanup.sh from composer.

CRM-18098. Move TCPDF from packages to composer.

Merge pull request #7890 from totten/4.6-api-key

CRM-18112 - Additional permission for editing "api_key"

CRM-18130: Custom CSS URL not working if aliased or rewritten

Merge pull request #7840 from monishdeb/CRM-18026

CRM-18026 fix

CRM-18112 - Additional permission for editing "api_key"

CRM-18109 fix to earlier commit on this issue

Signed-off-by: JKingsnorth <john@johnkingsnorth.co.uk>

Merge pull request #7829 from seamuslee001/CRM-18066-46

CRM-18066 Include Display name as an option on CIviCRM relationship reports

Merge pull request #7869 from JKingsnorth/CRM-17464-4.6

CRM-17464 remove deadlock inducing query (4.6)

CRM-18109 towards removal of unindexed queries

Signed-off-by: JKingsnorth <john@johnkingsnorth.co.uk>

CRM-17464 remove deadlock inducing query

Signed-off-by: JKingsnorth <john@johnkingsnorth.co.uk>

Merge pull request #7838 from monishdeb/CRM-18063

CRM-18063 fix, exclude contact type and tags from legacy format list

Merge pull request #7820 from colemanw/CRM-18049

CRM-18049 - Backport api campaign permissions

CRM-18026 fix

CRM-18063 fix, exclude contact type and tags from legacy format list

Include Display name as an option on CIviCRM relationship reports

Update version to 4.6.14

Merge pull request #7808 from JKingsnorth/CRM-18019-4.6

CRM-18019: Fix regression with views display of custom fields

CRM-18049 - Backport api campaign permissions

CRM-18019-4.6: Better solution for fixing array

CRM-18034 Fix pass by reference

CRM-18019: Fix regression with views display of custom fields

Merge pull request #7805 from eileenmcnaughton/CRM-17718-install

CRM-17718 installments should NOT be mandatory on recur edit page

Merge pull request #7804 from eileenmcnaughton/CRM-17718

CRM-17718 update repeattransaction to accept contribution_recur_id in…

CRM-17718 installments should NOT be mandatory on recur edit page - this change is in 4.7 already

CRM-17718 update repeattransaction to permit the financial_type_id to be passed in

Conflicts:
CRM/Contribute/BAO/Contribution.php
CRM/Contribute/BAO/ContributionRecur.php

CRM-17718 update repeattransaction to accept contribution_recur_id instead of original_contribution_id
wq
I feel like passing in the contribution_recur_id actually makes more sense - the internals of which contribution is repeated should be 'core business' & consistent across processors.

Importantly it has been set here to repeat the latest rather than the earliest which is not as good as saving such things as line items against the recurring transaction but
better than using the earliest - ie. pick up changes over time

Conflicts:
tests/phpunit/api/v3/ContributionTest.php

CRM-16617, fixed checkstyle jenkin error

----------------------------------------
* CRM-16617:
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-16617

--CRM-16617, added unit test

--CRM-16617, moved function to DAO

Merge pull request #7793 from seamuslee001/CRM-18021-46

CRM-18021 Add in report viewing option for ab tests

Merge pull request #7795 from PalanteJon/CRM-17029

Crm-17029 4.6 - fix Add to Group profile setting doesn't work in petitions

Merge pull request #7621 from agileware/4.6-crm-17848

CRM-17848: Round tax amount when calculated for contribution pages.

CRM-17029 - fix notices

CRM-17029 - Add to Group profile setting wasn't working on petitions

CRM-18021 Add in report viewing option for ab tests