CRM-15280 - Advanced Search not working for deleted Contacts

https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-15280

Merge pull request #4288 from totten/4.4-setupsh-port

setup.sh - Fix support mysqld on alternative ports

setup.sh - Fix support mysqld on alternative ports

Merge pull request #4089 from jaapjansma/CRM-15268

Case update API doesn't return the correct values

Merge pull request #4260 from futurefirst/4.4-gencode-fix

Added command-line switches to PHP in setup.sh to provide the DB credentials as defaults for mysql_real_escape_string

Added command-line switches to PHP in setup.sh to provide the DB credentials as defaults for mysql_real_escape_string

Merge pull request #4071 from eileenmcnaughton/CRM-15259

CRM-15259 use same method to determine whether to show updateBilling lin...

Merge pull request #4214 from totten/4.4-phpunit-err

INFRA-124 - tools/scripts/phpunit - Add error check

Merge pull request #3759 from eileenmcnaughton/api

backport financial account and financial type api & activity_contact api

DO NOT MERGE - temp test fix for 4.4
I will merge once in 4.4

Do not merge to 4.5 - fixes to make backported api pass tests,
one merged into 4.4 I'll do a merge PR to 4.5 to ensure this isn't merged as the fixes involve skipping tests due to upstream test framework changes
not being in 4.4

additional example

additional example

add Activity Contact api to backport

backport financial account and financial type api

INFRA-124 - tools/scripts/phpunit - Add error check

The goal is to eventually switch from the embedded phpunit
("civicrm/packages/PHPUnit") to a more standard/standalone copy.  Howeer,
this requires a different CLI (e.g.  "./scripts/phpunit CRM_Foo_BarTest" vs
"phpunit tests/phpunit/CRM/Foo/BarTest.php").

When we make the switch, we'll need some kind of transition for developers
who use the old CLI. This commit provides them with a better error message.

Note: It's tempting to automatically call the standalone phpunit rather than
printing an error; however, there are edge-cases (like unit-tests for
extensions) to consider, and (for now) it's easier to just throw an error
rather than try to think through each of them.

Merge pull request #4099 from atif-shaikh/CRM-15240

CRM-15240

Merge pull request #4105 from colemanw/CRM-15286

CRM-15286 - Set correct payment instrument in api contribution.transact

CRM-15286 - Set correct payment instrument in api contribution.transact

CRM-15240

update fix for bug CRM-15268

Merge pull request #4076 from totten/4.4-redact-version

CRM-15248 - footer.tpl - For front-end users, redact point-release.

CRM-15248 - Tweak formatting

Merge pull request #4078 from totten/4.4-ajax-validate

CRM-15247 - AJAX Fixups

CRM-15248 - footer.tpl - For front-end users, redact point-release.

On one hand, giving a precise version can help attackers match their targets
with exploits.  On the other hand, giving some kind of version indication is
useful for support and marketing.  This PR attempts to balance the interests
by giving a precise version ("Powered by CiviCRM 4.4.6") to users with
permission "access CiviCRM" while giving a coarse-version ("Powered by
CiviCRM 4.4") to anyone else.

CRM-15259 use same method to determine whether to show updateBilling link as whether to allow access to form

CRM-15247 - CRM_Contact_Page_AJAX::autocomplete - Require a token

CRM-15247 - CRM_Contact_Page_AJAX::checkUserName - Require a token before checking username

The use-case for this function: when a new constituent signs up for a user
account, we give advice on whether the username is available.

Unfortunately, attackers can use that functionality to scan the list of
usernames.  There's no protection from a motivated attacker (except to
disable new signups).

This patch aims to mitigate the problem in two ways:
 - For sites which don't allow user signups, the scanning won't work (b/c
   attackers can't obtain a token).
 - For sites which do allow signups, scanning requires more work
   (to obtain & refresh tokens).

CRM-15247 - CRM_Contact_Page_AJAX::getContactEmail - Validate inputs

Merge pull request #4062 from totten/4.4-setupsh-dbport

(Backport) Added support for non-default MySQL host and port.

Added support for non-default MySQL host and port.

When I run tests over the MySQL RAM server, I'm usually running the MySQL RAM
server on a different port and I need this script in order to get that all
working in civicrm-project.

Merge pull request #4035 from eileenmcnaughton/CRM-14824

CRM-14824 fix intemittant bug on priceset processing

Merge pull request #4019 from eileenmcnaughton/CRM-14877

ACL's not working correctly for select all options in export, CRM-14877

Merge pull request #4033 from totten/4.4-admin-forcebackend

CRM-14973 - CRM_Core_Menu::buildAdminLinks - Force backend URLs

CRM-14824 fix intemittant bug on priceset processing

CRM-14973 - CRM_Core_Menu::buildAdminLinks - Force backend URLs

----------------------------------------
* CRM-14973: Administration console does not work in WordPress
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-14973

Merge pull request #4018 from eileenmcnaughton/tidy-ups

test tidy up - put expected & actual in correct order

Merge pull request #4020 from monishdeb/CRM-15103

CRM-15103 fix - Priceset for memberships on contribution-page not working

Fix undefined index warning

Conflicts:
CRM/Grant/BAO/Grant.php

indentation fix

Additional fix

CRM-15103 fix - Priceset for memberships on contribution-page not working

https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-15103

ACL's not working correctly for select all options in export, CRM-14877

----------------------------------------
* CRM-14877: users bypass ACLs when exporting
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-14877

test tidy up - put expected & actual in correct order

Merge pull request #4009 from eileenmcnaughton/CRM-15210

CRM-15210 fix fatal on merge exports of non primary addresses

Merge pull request #4011 from eileenmcnaughton/CRM-15213

CRM-15213 fix spelling of renewal

Merge pull request #4013 from colemanw/CRM-15215

CRM-15215 - Fix api address validation

CRM-15215 - Fix api address validation

CRM-15213 fix spelling of renewal

CRM-15210 fix fatal on merge exports of non primary addresses
The relationship check is preventing the fields from being transformed
to the correct field names in contacts not-to-be-merged
The possibility of the object not existing is adequately handled further down in the
function. The check was added during svn-days but after 4.2.4
I no longer seem to be able to access what commit introduced it

Merge pull request #3883 from eileenmcnaughton/CRM-14398

CRM-14398 fix campaign in exports

CRM-14398 ... export issues

Merge pull request #3979 from eileenmcnaughton/CRM-15196

CRM-15196 mysql 5.6 is too strict on altering columns which have fks

Merge pull request #3975 from totten/4.4-win-check

CRM-15163 - CRM_Utils_Check_Security - Windows support

CRM-15196 mysql 5.6 is too strict on altering columns which have fks

CRM-15163 - CRM_Utils_Check_Security - Windows support

On Windows-PHP setups, paths may have a mix of back-slashes and
forward-slashes.  For this security check, we'll normalize to
forward-slashses to simplify the path manipulation.

CRM-14398 supplementary fix campaign in exports

Merge pull request #3920 from kurund/CRM-15133

fixes for CRM-15133

fixes for CRM-15133

----------------------------------------
* CRM-15133: Do not display upgrade reminder in footer if versionAlert is false
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-15133

Merge pull request #3919 from kurund/CRM-12772

fixed wrong merge forward, CRM-12772

fixed merge forward, CRM-12772

----------------------------------------
* CRM-12772: Member Report (Detail) locks in DB with large membership/contribution sets
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-12772

Merge pull request #3837 from eileenmcnaughton/CRM-15113

CRM-15113 don't redirect to server killing screen after marking dedupe

Merge pull request #3877 from eileenmcnaughton/CRM-15148

Crm 15148

CRM-15148 make core ACL test incomplete as the security fix for CRM-14877 is not in 4.4

CRM-14398 fix campaign in exports

CRM-15148 fix api to pass check_permissions
this results in core acls but NOT hook acls being applied IF check_permissions=1
prior to this patch core acls but NOT hook acls were applied even if check_permissions =0

CRM-15148 add tests to check impact of ACLs on contributions
testEntitiesGetCoreACLLimitingHookNoCheck fails without the commit to the api file
(next commit)

reinstate deleted functions

ACL Core, add a way for unit tests to flush in-function cache

test fix Only variables should be assigned by reference

/var/www/drupal/sites/default/modules/civicrm/civicrm-core/CRM/ACL/BAO/ACL.php:541

Add function to set up an ACL for a test

Merge pull request #3873 from jitendrapurohit/CRM-15096

CRM-15096

CRM-15096

Merge pull request #3867 from yashodha/4.4.CRM-15073

CRM-15073 : fix overwrite of subtype for onbehalf org

Merge pull request #3866 from yashodha/4.4

CRM-15090: fix name when adding dashlet

CRM-15073 : fix overwrite of subtype for onbehalf org

CRM-15090: fix name when adding dashlet

Merge pull request #3831 from eileenmcnaughton/CRM-15105

Crm 15105

CRM-15113 - adding a refresh where the redirect would otherwise be causes the user to wind up back on the search page and to get the alert

CRM-15113 don't redirect if rgid is not filled in  - otherwise you wind up at an unfiltered dedupe calculation screen

CRM-15105 fix for erroneous setting of status

CRM-15105 add test to demonstrate + fix other tests to use
create rather than update so we are not encouraging use of update action

Merge pull request #3785 from eileenmcnaughton/CRM-15075

CRM-15075 fatal on membership renew with long text (plus this line seems...

Merge pull request #3797 from pradpnayak/CRM-15082

-- CRM-15082, changed the function name

Merge pull request #3801 from kurund/CRM-12722

CRM-12722, added fixed that was missed during forward merging from 4.3 t...

CRM-12722, added fixed that was missed during forward merging from 4.3 to 4.4

----------------------------------------
* CRM-12722: Group page only shows 25 child groups
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-12722

Merge pull request #3800 from mlutfy/4.4-crm15086

CRM-15086: remove {ts} on a few civicrm_option_value.name strings

CRM-15086: remove {ts} on civicrm_option_value.name strings for: default conference slots, default batch type and default batch statuses.

-- CRM-15082, changed the function name

----------------------------------------
* CRM-15082: WSOD on advanced search when proximity search is performed
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-15082

CRM-15075 fatal on membership renew with long text (plus this line seems just BAD)

Merge pull request #3775 from colemanw/file

CRM-15068 - Add api support for custom file fields

CRM-15068 - Add api support for custom file fields

Merge pull request #3752 from colemanw/wr

CRM-15056 - Workaround for civicrm_worldregion bug in search builder

CRM-15056 - Workaround for civicrm_worldregion bug in search builder

Merge pull request #3748 from colemanw/relMemberApi

CRM-13652 - Fix relationship api to process related memberships

Merge pull request #3744 from yashodha/CRM-15032

CRM-15032 - change 4.4.0.mysql.tpl to UTF-8 encoding

Merge pull request #3737 from yashodha/4.4

CRM-15032 - change 4.4.0.mysql.tpl to UTF-8 encoding

CRM-13652 - Fix relationship api to process related memberships

CRM-15032 - change 4.4.0.mysql.tpl to UTF-8 encoding

Merge pull request #3741 from davecivicrm/CRM-14997

CRM-14997 - fix regression that caused Add Contacts to Group button to b...

CRM-14997 - fix regression that caused Add Contacts to Group button to be ALWAYS hidden.

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* CRM-14997:
  https://issues.civicrm.org/jira/browse/CRM-14997