Det finns många alternativ i SquirrelMails inställningar. Du har ett helt gäng alternativ att byta teman, språk och andra egenskaper. Vad du kan göra beror på installationen. När du förändar någonting förändras det bara för dig, du kan inte av misstag förändra andras inställningar. Det finns fem huvudkategorier i inställningarna: Personlig Information, Visualiseringsinställningar, Markering av Meddelanden, Mappinställningar och Indexeringsordning.