Ena boljših strani SquirelMaila je stopnja do katere si ga lahko prikrojite. Odvisno od konfiguracije imate na izbiro več tem, jezikov, map in drugih lastnosti. Vse to lahko spremenite ne da bi s tem vplivali na ostale uporabnike sistema. So štirje glavni deli Opcij: Osebne, Prikaz, Poudarjanje sporočil in Mape.