Najprzyjemniejszą cechą Wiewiórczej poczty jest wysoki stopień jej konfigurowalności. Opcje dają możliwość wyboru schematu kolorów, języka, folderów oraz innych ustawień. To wszystko może zostać zmienione bez wpływu na ustawienia innych użytkowników systemu. Istnieją cztery główne sekcje konfiguracji: Dane użytkownika, Podświetlanie wiadomości, Ustawienia wyświetlania oraz Ustawienia folderów.