Een van de goede eigenschappen van SquirrelMail is de mate waarin het aanpasbaar is aan uw wensen. Afhankelijk van de instellingen heeft u brede keus uit stijlen, talen, mappen en andere voorkeuren. Deze kunnen allemaal gewijzigd worden zonder van invloed te zijn op de rest van de gebruikers van uw systeem. Er zijn minstens vijf hoofdonderdelen van de Instellingen: persoonlijke informatie, weergave, berichtkleuren, mappen en berichtvolgorde. Afhankelijk van uw installatie kunnen er nog extra opties zijn toegevoegd.