Satu hal menarik tentang SquirrelMail adalah derajat kemungkinan untuk disesuaikan. Tergantung dari konfigurasi yang ada, Anda mungkin memiliki beberapa tema, bahasa, laci, dan acuan lainnya. Semua ini dapat diubah tanpa mengganggu pengguna lain. Ada empat bagian utama dalam Pilihan: Pribadi, Tampilan, Penyorotan Pesan, dan Laci.