Eine der besten Dinge an SquirrelMail ist, wie weit man es auf die eigenen Bedürfnisse einstellen kann. Abhängig von der individuellen Konfiguration können unterschiedliche Farben, Sprachen, aber auch unterschiedliche Ordner und andere Mail-Spezifische Einstellungen ausgewählt werden. All diese Optionen wählt ein User nur für sich selber - die Einstellungen der anderen User auf dem System werden nicht beeinflusst. Hierbei gibt es mindestens fünf wesentliche Bereiche: Persönliche Informationen, Anzeigeoptionen, Nachrichtenfarbe, Ordner und IndexOrdner. Je nach SquirrelMail- Konfiguration können aber auch noch weitere Optionspunkte erscheinen.