En af de bedste ting ved SquirrelMail er i hvor høj grad den kan tilpasses. Afhængig af opsætningen kan du have mulighed for at vælge mellem mange forskellige temaer, sprog, mapper og andre indstillinger. Alle disse indstillinger kan ændres uden at det påvirker de øvrige brugere på systemet. Der er mindst fem hovedpunkter under indstillingerne: Personlig information, Formateringsindstillinger, Beskedfremhævning, Mappeindstillinger og Indekssortering. Andre punkter kan være tilgængelige afhængig af opsætningen af SquirrelMail.