Výhodou systému SquirrelMail je možnost úpravy podle přání uživatele. Máte na výběr mezi několika schématy, jazyky a jinými nastaveními. Všechny z nich mohou být změněny bez toho, aniž by ovlivnily nastavení jiných uživatelů systému. V nabídce je 5 hlavních kategorií: Osobní informace, Vzhled, Zvýrazňování zpráv a Filtry zpráv.